Bioinformatik

Forskargruppen i bioinformatik bildades ursprungligen av forskare i datavetenskap med ett intresse för biologi. Forskningen har sedan dess fokuserat på utveckling och applicering av algoritmer för analys av biologiska datamängder.

Forskning

Gruppens forskning omfattar utveckling av algoritmer, databaser och mjukvara samt att lösa biologiska forskningsproblem med hjälp av sådana verktyg. Ett nära samarbete med forskare från andra forskargrupper, både inom och utanför Högskolan i Skövde, samt med forskare hos våra företagspartners är en viktig strategi för forskargruppen i bioinformatik.

Detta ger oss tillgång till intressant experimentell data och försäkrar att forskningen är högrelevant med hänsyn till biologisk tillämpning. De viktigaste forskningsområdena i gruppen i dagsläget är användningen av bioinformatik i studier av stamcells-differentiering, toxicitetstestning genom stamceller, upptäckt och utvärdering av cancerbiomarkörer, samt miRNAs roll i genetisk felreglering. Forskningen är fokuserad på analys av data från storskaliga experimentella studier genom användning av mikroarray och next-generation-sequencing-teknologi.

Primära uppdrag och mål för forskargruppen i bioinformatik

• Utveckla nya algoritmer för analys av storskaliga datamängder från transkriptomik, proteomik, genomik, och signal- och molekylära vägar och nätverk.
• Tillämpa maskininlärning och andra avancerade beräkningsmetoder för att analysera storskaliga biologiska datamängder.
• Upptäcka och statistiskt utvärdera molekylära biomarkörer för diagnos, prognos och klassificering av olika sjukdomar.
• Tillämpa bioinformatiska metoder för att upptäcka och utvärdera biomarkörer för andra tillämpningsområden, såsom stamcellsdifferentiering och cancerutveckling.

Utbildning kopplad till forskningen

Högskolan i Skövde erbjuder ett ettårigt masterprogram i bioinformatik som ger studenterna en bred specialistkompetens i området. Programmet syftar även till att utveckla studenternas förmåga att lösa biologirelaterade problem, att planera och utföra analyser av molekylär och biomedicinsk data, samt att bearbeta och kritiskt bedöma resultat av sådana data. Läroplanen innehåller kurser som fokuserar på analys av storskaliga biologiska data, bioinformatiska algoritmer, såväl som forskning och utveckling inom bioinformatik.

Det finns ett uttalat fokus på datavetenskap och statistik i utbildningsprogrammet med kurser i såväl programmering som statistikspråket R och traditionella föreläsningar blandas med arbete i datorlabb.
Studenterna kommer också att lära sig att använda olika datoriserade verktyg för att sammanställa och analysera data från forskningsprojekt och biologiska experiment, samt att använda olika analysmetoder, såsom sekvens- och genuttrycksanalys.

2013 utvärderades masterprogrammet i bioinformatik av Universitetskanslersämbetet (UKÄ), vilka bedömde att programmet håller hög kvalitet, med höga prestationer avseende examinationsmålen (UKÄ, reg-nr 411-311-13).

Bioinformatik