Bioinformatik

Forskargruppen i bioinformatik bildades ursprungligen av forskare i datavetenskap med ett intresse för biologi. Forskningen har sedan dess fokuserat på utveckling och applicering av algoritmer för analys av biologiska datamängder.

Forskning

Gruppens forskning omfattar utveckling av metoder, algoritmer och mjukvara samt att lösa biologiska forskningsproblem med hjälp av sådana verktyg. Ett nära samarbete med forskare från andra forskargrupper, både inom och utanför Högskolan i Skövde, samt med forskare hos våra företagspartners är en viktig strategi för forskargruppen i bioinformatik. Detta ger oss tillgång till intressant experimentell data och försäkrar att vi bedriver forskning som är högrelevant med hänsyn till biologisk tillämpning. 

Gruppen har ett starkt fokus på utveckling av analysmetoder för olika typer av omicsdata såsom transkriptomics, proteomics och epigenomics. De viktigaste forskningsområdena i dagsläget är identifiering av biomarkörer och integrering av storskalig omics data. Vi arbetar med bioinformatiska studier inom stamcellsdifferentiering, utveckling av stamcellsbaserade in vitro-modeller för sjukdomsmodellering och toxicitetstestning, upptäckt och utvärdering av cancerbiomarkörer, nätverksmodellering och identifiering av funktionella sjukdomsmoduler samt epigenetiska studier för att förstå genetisk felreglering.. Forskningen är fokuserad på analys av data från storskaliga experimentella studier genom användning av tekniker såsom mikroarrays, next-generation-sekvensering och mass-spektrometri.

Primära uppdrag och mål för forskargruppen i bioinformatik

  • Utveckla nya algoritmer för analys och integrering av storskaliga datamängder från transkriptomik, proteomik, genomik, samt signaleringsvägar och nätverk.
  • Tillämpa maskininlärning och andra avancerade beräkningsmetoder för att analysera storskaliga biologiska datamängder.
  • Upptäcka och statistiskt utvärdera molekylära biomarkörer för diagnos, prognos och klassificering av olika sjukdomar.
  • Tillämpa bioinformatiska metoder för att upptäcka och utvärdera biomarkörer för olika tillämpningsområden, såsom stamcellsdifferentiering, toxicitetstestning, sjukdomsmodellering och cancerutveckling.

Utbildning kopplad till forskningen

Högskolan i Skövde erbjuder ett ettårigt masterprogram i bioinformatik som ger studenterna en bred specialistkompetens i området. Programmet syftar även till att utveckla studenternas förmåga att lösa biologirelaterade problem, att planera och utföra analyser av molekylär och biomedicinsk data, samt att bearbeta och kritiskt bedöma resultat av sådana data. Läroplanen innehåller kurser som fokuserar på analys av storskaliga biologiska data, bioinformatiska algoritmer, såväl som forskning och utveckling inom bioinformatik.

Det finns ett uttalat fokus på datavetenskap och statistik i utbildningsprogrammet med kurser i såväl programmering som statistikspråket R och traditionella föreläsningar blandas med arbete i datorlabb.Studenterna lär sig att använda olika datorbaserade verktyg för att sammanställa och analysera data från forskningsprojekt och biologiska experiment, samt att använda olika analysmetoder, såsom sekvens- och uttrycksanalys.

Vid senaste utvärderderingen av Universitetskanslersämbetet (UKÄ) av masterprogrammet i bioinformatik bedömdes programmet hålla hög kvalitet, med höga prestationer avseende examinationsmålen (UKÄ, reg-nr 411-311-13).

Bioinformatik