BioMine: Data-mining för identifiering, selektion och validering av biomarkörer

Inom BioMine projektet så studerar vi möjligheterna att använda storskalig biologisk data för att identifiera och validera biomarkörer inom Life-Science området.

Biomarkörer blir allt viktigare inom det biomedicinska området, och det finns ett växande behov av att identifiera nya markörer för diagnostik av sjukdomar och sjukdomsprogression. Biomarkörer kan också bidra till att möjliggöra individanpassad behandling och upptäcka tidiga terapeutiska och negativa reaktioner av läkemedel. Vidare är biomarkörer för olika cellulära processer viktiga inom cellbiologin och kan exempelvis vara användbara för att fastställa cellidentitet. De kan också användas för isolering av specifika cellpopulationer såväl som för övervakning av fysiologiska eller patofysiologiska processer in vitro.

Det finns ett stort intresse och höga förväntningar på att kunna använda storskalig "omics"-data för att identifiera biomarkörer, främst data inom områdena transcriptomics, proteomics, metabolomics och genomics. Men många utmaningar och svårigheter återstår fortfarande att lösa, i synnerhet när det gäller utveckling av algoritmer för storskalig dataanalys vid olika kombinationer av datamängder. Den tekniska utvecklingen har gått mycket snabbt och möjligheten finns nu att parallellt mäta tusentals markörer, och tekniken utvecklats i en snabbare takt än analysmetoderna för tolkningen av dessa stora mängder biologisk data.

Inom BioMine projektet så studerar vi möjligheterna att använda storskalig biologisk data för att identifiera och validera biomarkörer inom Life-Science området. Vi bedriver studier inom tre specifika delområden med fokus på att generera och analysera storskalig data. De tre delprojekten inkluderar toxicitetstestning, sjukdomsmodellering och klinisk diagnostisering. Stor vikt läggs i projektet vid att utveckla metoder för kombinerade analyser av olika typer av molekylär data.

Projektet genomförs i samarbete mellan Högskolan i Skövde och våra industripartners (AstraZeneca Gothenburg, Takara Bio Europe AB, Unilabs AB, 1928 Diagnostics AB, TATAA Biocenter AB och Olink Proteomics AB).

BioMine: project model

Projektet förväntas generera nya prediktiva multimarkörpaneler samt innovativa algoritmer och analysprocesser för identifiering av biomarkörer från en kombination av datakällor och datatyper. Projektet belyser både industriella och akademiska aspekter av biomarkörforskning och innehåller aktiviteter som adresserar dels stora utmaningar och behov inom industrin men också rent akademiskt vetenskapliga frågeställningar. Gemensamma frågor formuleras av forskarteamet vid Högskolan i Skövde, vilket säkerställer att senaste tekniker och ansatser inom metodutveckling tillämpas och sprids vidare inom och utanför projektet.

BioMine: process

 

Projektledare

Projektet i korthet

Projektets fullständiga namn:
Data-mining för identifiering, selektion och validering av biomarkörer

Projekttid:
2017-10-01 till 2021-09-30

Finansieras av:
Stiftelsen för kunskap och kompetensutveckling (KK-Stiftelsen)

Övriga partners:
AstraZeneca, Takara Bio Europe AB, Unilabs AB, 1928 Diagnostics AB, TATAA Biocenter AB, Olink Proteomics AB

Medverkande forskare

Jane Synnergren, Biträdande Professor HS
Peter Sartipy, Adjungerad Professor HS
Sepideh Hagvall, Adjungerad Professor HS (AstraZeneca Gothenburg)
Anna-Karin Pernestig, Lektor HS
Diana Tilevik, Biträdande Lektor HS
Mahnaz Irani Shemirani, Doktorand HS
Nidal Ghosheh, Postdoktor HS
Claudia Correia, Postdoktor HS
Benjamin Ulfengren, Postdoktor HS
Helena Enroth, Adjungerad Professor HS (Unilabs)

Delprojekt

BioMine består av tre delprojekt och ett sammanhållande synergiprojekt.

  • Synergi: Projektledare Jane Synnergren och Peter Sartipy. Med syfte och mål att ta tillvara och utveckla synergieffekter inom datamining i projektet.
  • Biomarkörer för toxicitetstesting: Projektledare Jane Synnergren. I samarbete med AstraZeneca Gothenburg och Takara Bio Europé.
  • Biomarkörer för sjukdomsmodellering: Projektledare: Sepideh Hagvall. I samarbete med AstraZeneca Gothenburg och Takara Bio Europé.
  • Biomarkörer för klinisk diagnostik: Projektledare Anna-Karin Pernestig och Diana Tilevik. I samarbete med Unilabs AB, 1928diagnostics AB, TATAA Biocenter AB, och Olink AB