Högskolan i Skövde är en statlig myndighet, något som avspeglar sig i vilka fackförbund som finns representerade på arbetsplatsen. De organisationer som har förhandlingsrätt inom staten är Saco (Sveriges akademikers centralorganisation) genom sin förhandlingsorganisation för staten, Saco-S; OFR (Offentliganställdas förhandlingsråd) samt SECO. SECO har ingen representation vid Högskolan i Skövde.
Saco, Sveriges akademikers centralorganisation, är en paraplyorganisation som innefattar ett antal olika fackliga förbund. SULF organiserar flest medlemmar på högskolan, andra stora förbund är Naturvetarna, Lärarnas riksförbund, Jusek och Sveriges ingenjörer. Lokalt på högskolan finns en Saco-S-förening med en styrelse bestående av representanter för flera av centralorganisationens förbund.
OFR/S är en förhandlingsorganisation som saknar styrelse men som representeras av ST inom universitets- och högskoleområdet och av Lärarförbundet.