Systembiologi

Forskningsprojekt i infektionsbiologi

Diana Karlsson

Antibiotikaresistenta bakterier -ett växande problem

Pneumokocker är vanligt förekommande bakterier som kan ge upphov till flera typer av infektioner, t ex öroninflammationer, blodförgiftningar samt lung- och hjärnhinneinflammationer. Sjukdomar orsakade av pneumokocker behandlas vanligen framgångsrikt med antibiotika, men den ökande resistensen utgör idag ett globalt problem.

I detta forskningsprojekt undersöks mekanismer kopplade till uppkomst och spridning av antibiotikaresistensen hos pneumokocker.

Vill du veta mer?

Mikrobiell detektion vid svår sepsis - när varje minut räknas

Sepsis är en livshotande sjukdom som kan uppstå i respons på en infektion. Både hög mortalitet och morbiditet är associerade med sepsis därför ges patienter misstänkta med sepsis multipla bredspektrumantibitoika innan resultat från blododling fås. Det föreligger idag ett stort behov av ett snabbt och pålitligt diagnostiskt test för svår sepsis.

I detta forskningsprojekt, som drivs i samarbete med Unilabs AB och Skaraborgs sjukhus, studeras bl a olika metoder för att snabbare kunna identifiera patienter med sepsis samt detektera den sjukdomsorsakande mikroben.

Vill du veta mer?

Henrik Ericson

Bakteriell vaginos - en farlig förändring

Bakteriell vaginos är ett komplext syndrom där den normala bakteriefloran i slidan har störts. Denna förändring kan leda till en förtidig födsel eller missfall hos gravida kvinnor. Förtidig födsel och missfall kan också orsakas av bakterien Streptococcus agalactiae, som även kan ge upphov till en blodförgiftning hos det nyfödda barnet.

Jag studerar vilka olika bakterier som orsakar bakteriell vaginos och om det finns ett samband mellan detta syndrom och tillväxt av Streptococcus agalactiae.

Vill du veta mer?

Maria Svensson

Ärtrotröta - Molekylärbiologiska metoder kan undvika skördeförluster

Ärtrotrötan är en allvarlig växtsjukdom som orsakas av att flera jordburna svampar angriper ärtplantornas rötter. Detta leder slutligen till att ärtplantorna gulnar, vissnar ihop och dör. De sjukdomsframkallande svamparna kan överleva åtskilliga år i marken och kan tillväxa nästa gång ärtplantorna odlas på fältet. För jordbrukaren är det väldigt viktigt att kunna undvika odling på infekterade fält så att de inte förlorar stora delar av sin skörd. I mitt projekt (som bland annat är ett samarbete med Analycen i Lidköping) så försöker jag utveckla molekylärbiologiska analysmetoder för att detektera och kvantifiera de sjukdomsframkallande svamparna för att på så sätt kunna förutsäga den potentiella risken för sjukdomsangrepp.

Vill du veta mer?

Magnus Fagerlind

Biofilmer - bakteriernas egna städer

Biofilmer är bakteriella samhällen bestående av bakterier associerade med olika ytor, oftast i vattenmiljö. Strukturen hos en biofilm kan variera från att vara helt platt till att vara oerhörd komplex och bestå av svampliknande utskott (mikrokolonier) separerad av vattenkanaler. Idag har vi en mycket begränsad kunskap om biofilmens utvecklingsförlopp, och vilka faktorer som påverkar detta. Mitt projekt går ut på att utveckla datormodeller och använda dessa för att simulera formationen av biofilmer. Detta har ett stort medicinskt värde då biofilmer är ett enormt problem inom sjukvården.

Vill du veta mer?

Erik Gustafsson

Staphylococcus aureus - Gul, Ful och Farlig!

Staphylococcus aureus (gula stafylokocker) är en av våra vanligaste sjukdomsalstrande bakterier som kan ge upphov till ett flertal livshotande tillstånd. Förmågan att orsaka dessa sjukdomar beror av virulensfaktorer som bildas av bakterien. Aktiviteten av de generna som kodar för de olika virulensfaktorerna kontrolleras av regulatoriska komponenter. Hittills gjorda studier visar att regulatorerna också påverkar varandra. Med en systembiologisk approach försöker vi kartlägga hur de olika regulatorerna påverkar varandra och slutligen produktionen av virulensfaktorer.

Vill du veta mer?

Mikael Ejdebäck

Protein-protein interaktioner i NLRP3 inflammasomen

Inflammation är en del av kroppens naturliga respons på en infektion. Klassiska symptom på en inflammation är bland annat svullnad, rodnad, värme och ömhet. Symptomen orsakas av en rad fysiologiska processer som startas när stimuli triggar en intracellullär signaltransduktionskedja. Projektets mål är att skapa sig en bättre bild av NLRP3 inflammasomens sammansättning och hur proteinerna i proteinkomplexet växelverkar med varandra. En bättre förståelse av detta är viktigt för att förstå relaterade sjukdomar samt hur de kan behandlas. Stabiliteten och sammansättningen av inflammasomen kan påverkas med stor sannolikhet av mutationer i de gener som kodar för de ingående proteinerna. Populationsstudier av förekomsten av dessa mutationer görs genom samarbete med Örebro Universitet.

Vill du veta mer?

Andreas Jansson

Matematisk modellering av T-cellsaktivering

T-celler är centrala celler i vårt immunförsvar som reglerar antikroppsproduktion och cellulära responser mot patogener. Själva aktiveringen av T-celler är därför en central händelse för att vi ska kunna generera en effektiv immunrespons mot patogener, men samtidigt tolerera kroppens egna proteiner (peptider) och celler. Att förstå hur T celler diskriminerar mellan patogena peptider och kroppens egna peptider (själv-peptider) är en central fråga inom immunologin. Tillsammans med Prof Simon Davis vid University of Oxford utvecklar vi matematiska modeller av molekyler som medverkar i T-cellsaktiveringen samt modellerar hur olika immundämpande mediciner påverkar dessa molekylers interaktion.

Vill du veta mer?

Modellering av Ulcerös Kolit

Kronisk inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) är det gemensamma namnet för Ulcerös kolit och Crohn´s sjukdom. Det finns mycket som tyder på att dessa sjukdomar orsakas av en felaktig reglering av tarmslemhinnans T-lymfocyter. Genom studier på en unik djurmodell har vi tidigare visat att dynamiken i T cellernas mognad i thymus är tydligt skild från möss som utvecklar ulcerös kolit. T-lymfocyternas utmognad och migration i kroppen är en mycket komplex process som är omöjlig att belysa med enbart experimentella metoder. Projektets mål är att kombinera matematisk modellering med experimentella metoder för att kunna skatta systemets parametrar och studera systemet med hjälp av datorsimuleringar

Vill du veta mer?

Anna-Karin Pernestig

Knowing me, knowing you

Projektets övergripande mål är att få ökad kunskap om immunförsvarets dirigenter – T-cellernas mognad i thymuskörteln samt deras samspel med andra immunceller, vilket är av stor betydelse för att kunna förbättra de kliniska behandlingsmetoderna vid inflammatoriska tarmsjukdomar. Projektet är ett samarbete med Prof. Elisabeth Hultgren-Hörnquist, Örebro Universitet. Vi arbetar med en musmodell som spontant utvecklar ulcerös kolit. Hittills har vi sett att T-cellernas mognad i thymuskörteln är kraftigt accelererad hos möss som har ulcerös kolit. Vi vill utöka förståelsen för detta genom att närmare studera de epitelceller som instruerar T-cellerna under sin mognad i thymuskörteln.

Vill du veta mer?

Jane Synnergren

Informationsfusion inom stamcellsutveckling

Humana embryonala stamceller (hESC) utgör en unik population celler som karaktäriseras av två viktiga egenskaper. Dels kan dessa celler tillväxa obegränsat i sitt odifferentierade tillstånd och dels kan de mogna ut till i princip alla specialiserade och funktionella celltyper som finns i en vuxen individ. Dessa egenskaper gör hESC till en mycket värdefull resurs inom ett flertal områden. Projektet inriktas på att genomföra omfattande och detaljerade studier av de mekanismer som är involverade i hESC-differentiering tillsammans med företaget Cellartis.

Vill du veta mer?