Högskolan i Skövde bedriver egen utbildning på forskarnivå inom området informationsteknologi. Utbildning på forskarnivå bedrivs även inom andra områden, i samverkan med lärosäten med examensrätt.
Vid årsskiftet 2010/2011 infördes en ny nämndorganisation med två fakultetsnämnder (fakultetsnämnden för lärande, hälsa och samhälle samt fakultetsnämnden för teknik och samhälle). Fakultetsnämnderna har ett övergripande ansvar för kvaliteten inom utbildningen på forskarnivå.
Tidigare fanns ett utvärderingssystem för utbildning på forskarnivå i samverkan med andra lärosäten. Fakultetsnämnderna arbetar nu med att ta fram nya system för utvärdering av forskarutbildning - för både utbildning i egen regi och utbildning i samverkan med andra lärosäten.