MinION, världens minsta DNA sekvenseringsanordning finns nu på Högskolan

2018-12-06

Nu har världens minsta DNA sekvenseringsanordning MinION anlänt till Högskolan i Skövde, aningen större än ett USB. Den kan användas för att sekvenserna DNA i realtid - även ute på fält. Sekvensering bygger på en unik teknologi framtagen av Oxford Nanopore Technologies, som man även refererar till som tredje generations sekvensering. MinION kopplas till en dator för att kunna göra avancerade analyser med bioinformatiska verktyg.


Forskaren Oskar Karlsson demonstrerar användning av MinION på Högskolan i Skövde
Forskaren Oskar Karlsson demonstrerar användning av MinION på Högskolan i Skövde

MinION används inom många forskningsområden, såsom cancerforskning, bakteriell resistens, biodiversitet osv. och eftersom maskinen är portabel används den ute på fält för att exempelvis detektera och lokalisera smittkällan och minska smittspridning.

- Vi är väldigt glada över att vi fick hjälp med att komma igång med MinION av forskaren Oskar Karlsson Lindsjö från SLU i Uppsala, som är expert i området, säger Ida Emanuelsson, projektledare för Biomarkörsdemonstratorn i Skaraborgs Innovativa Miljöer (SIM2020). 

Oskar är dessutom alumni från Högskolan i Skövde, så vid sitt besök passade han även på att träffa studenter och berätta mer om sin forskningsresa från Högskolan i Skövde till SLU.

- Det är både spännande och nyttigt att introducera denna cutting-edge teknologi i vår undervisning här på Högskolan i Skövde, så att våra studenter får möjlighet att ta del av den senaste forskningen på området, säger Zelmina Lubovac, forskare i bioinformatik.

Demonstrerar identifieringsprocessen av biomarkörer

MinION kommer att utgöra en viktig del av en demonstrator inom testmiljön biomarkörer som har tagits fram inom det EU-finansierade samverkansprojektet SIM2020. Syftet med demonstratorn är att illustrera den kompetens och erfarenhet av forskning kring biomarkörer som Högskolan i Skövde kan erbjuda. Inom forskningsmiljön systembiologi har Högskolan lång erfarenhet av identifiering och validering av biomarkörer, för t.ex sepsis diagnostik eller toxicitetstester, så MinION kan användas för att demonstrera hur arbetet med identifiering av biomarkörer kan se ut i praktiken.

- Vi ser fram emot en spännande framtid då DNA sekvenseringsanordningar förhoppningsvis blir ännu enklare, snabbare och billigare så att de kan användas på alla sjukhus, eller till och med hemma för att t ex identifiera vanliga infektioner, avslutar Zelmina.

 

Kontakt

Projektledare testmiljö biomarkörer
Ida Emanuelsson 
Forskarassistent
Institutionen för biovetenskap
ida.emanuelsson@his.se
0500-448461