Jane Synnergren
Institutionen för biovetenskap
Jane Synnergren
Professor i bioinformatik
Detta projekt är ett delprojekt i ett större synergiprojekt (BISON) med fokus på dataanalys av Big data. Projektet syftar till att utveckla bioinformatiska metoder och algoritmer för analys och integrering av storskalig biomedicinsk data. De senaste åren har en massiv digitalisering av data och information genomförts i samhället och majoriteten av all världens information uppskattas numera vara digital.
Det innebär enorma möjligheter att generera ny kunskap från dessa enorma datamängder men ställer också krav på ökad kompetens samt utveckling av verktyg för att analysera och tolka stor och komplex data, som exempelvis att extrahera mönster och information från olika dataflöden.
Bättre och snabbare algoritmer behövs
För att möta det växande behovet av storskalig dataanalys krävs förutom mer kompetens även bättre och snabbare algoritmer och kraftfulla processorer som kan exekvera algoritmerna.
Inom biomedicinska tillämpningar har utvecklingen gått mycket snabbt och nya avancerade molekylära metoder gör det nu möjligt att på kort tid generera stora datamängder till en rimlig kostnad.
Kompetens, metoder och algoritmer
Utmaningen är inte längre kostnader och resurser för att generera data utan istället kompetens, metoder och algoritmer för att analysera och integrera biomedicinsk storskalig data och möjliggöra användning av storskalig data för utveckling av ny kunskap inom Life science området. Exempel på storskalig data inom det biomedicinska området är globala expressionsanalyser där man mäter mRNA- och miRNA-uttryck, proteomics data, metabolomics data, epigenomics data etc. Dessa datamängder består av tiotusentals mätpunkter som beräknas under definierade förhållanden.
Utvecklar bioinformatiska metoder och algoritmer
I detta projekt arbetar vi med utveckling av bioinformatiska metoder och algoritmer för analys och integrering av storskalig biomedicinsk data. Syftet är att på ett mer automatiserat sätt extrahera relevant kunskap och information om komplexa biologiska system. De system som för närvarande studeras är inriktade på studier kring ökad förståelse av differentiering av humana pluripotenta stamceller (hPSCs) mot betaceller, leverceller och hjärtmuskelceller (i samarbete med TakaraBio), samt utveckling av en sjukdomsmodell i form av en hPSC-baserad in vitro-modell för studier av biverkningar på hjärtat hos diabetespatienter (i samarbete med AstraZeneca).
