Sökträffar

    Sökträffar

    Visa alla resultat för ""
    Hittar inga resultat eller sökförslag för "."

    Söktips

    • Kontrollera att orden är rättstavade
    • Försök med andra sökord eller synonymer
    • Smalna av din sökning för att få fler träffar

    Hur kan vi hjälpa dig?

    Ny student

    Kontakta oss

    Hitta medarbetare

    Högskolan i Skövde, länk till startsida

    Sökträffar

      Sökträffar

      Visa alla resultat för ""
      Hittar inga resultat eller sökförslag för "."

      Söktips

      • Kontrollera att orden är rättstavade
      • Försök med andra sökord eller synonymer
      • Smalna av din sökning för att få fler träffar

      Hur kan vi hjälpa dig?

      Ny student

      Kontakta oss

      Hitta medarbetare

      Högskolan i Skövde, länk till startsida

      Molekylärbiologisk teknik inom forskningen: Sekvensering och NGS

      Molekylärbiologisk teknik inom forskningen: Sekvensering och NGS

      Sekvensering av genetiskt material med Sangersekvensering har framgångsrikt använts inom molekylärbiologisk forskning under en längre tid. Efter en mycket snabb teknikutveckling av instrumentering de senaste åren finns nu ett stort antal användningsområden. Tekniken idag är snabb, billig och har mycket hög kvalitet på de stora mängder sekvensdata som genereras.

      NGS, Next Generation Sequencing, är en teknik som revolutionerat alla områden av genetisk forskning. Tekniken innebär massiv parallellsekvensering av genetiskt material vilket möjliggör analys av ett stort antal prover samtidigt.

      Olika typer av sekvenseringsplattformar

      Idag används andra och tredje generationens instrument och det finns flera företag som erbjuder denna typ av sekvenseringsplattformar. Den andra generationens plattformar baseras på någon form av SBS-teknik, ”Sequencing-by-synthesis” där enzymet DNA-polymeras används för sekvenseringsreaktionen, eller sekvensering med ligering där sekvenseringen sker med hjälp av enzymet DNA ligas.

      Tillgång till tekniken genom Flongle/MinION

      Dessa tekniker och plattformar producerar många, men relativt korta, sekvenser som sedan används för bioinformatisk analys. Tredje generationens sekvenseringsteknik baseras på analys av enskilda molekyler och ger då färre, men längre, sekvenser för fortsatt analys. Flera företag erbjuder idag även denna typ av sekvenseringsplattform. Forskningsmiljön systembiologi vid Högskolan i Skövde har tillgång till den senaste tekniken genom instrumentet MinION/Flongle från Oxford Nanopore Technologies.

      Låter oss upptäcka viktiga gener och genmutationer

      Stora mängder data genereras vid sekvensering med dessa nya plattformar. Bioinformatisk analys är nödvändig för att kvalitetskontrollera, korrigera och tolka det genererade sekvensdatat. Datat kan sammanställas till helgenom och jämföras med referensgenom, viktiga gener och genmutationer kan upptäckas. Vi inom forskningsgruppen för systembiologi utforskar de många olika mjukvaror som finns tillgängliga idag för NGS-analys och testar även de molntjänster som finns tillgängliga för automatiserad bioinformatisk analys av sekvensdata.

      Se Högskolans nyheter kring sekvensering:

      Pågående forskning

      Forskningsgruppen Infektionsbiologi har flera pågående forskningsprojekt inom NGS, t ex helgenomsekvensering av kliniska bakterieisolat för att studera mikrobiell biodiversitet. 

      Med så kallad singel-cell sekvensering har man idag även möjlighet att studera enskilda celler i ett prov. Denna typ av data analyserar vi i samarbete med Göteborgs Universitet för att kunna identifiera cellpopulationer som kan orsaka reumatoid artrit.

      Kontakt

      Adjungerad professor

      Foto av Helena Enroth

      Helena Enroth

      Institutionen för biovetenskap

      Publicerad: 2021-01-22
      Senast ändrad: 2021-01-22
      Sidansvarig: Helena Enroth