Benjamin Ulfenborg
Lektor i bioinformatik
Institutionen för biovetenskap
Expressionsanalys med R G1F
Kurs, Grundnivå,
7,5 hp,
BI319G
Anmälan
Välj ett tillfälle för att visa kursplan och behörighetskrav.
Vår 2024, Plats: Skövde, Takt: 50%
Anmälan
Ange kod HS-12946 på antagning.se
Kursplan med litteraturlista
När? Var? Hur?
Pågår: 25 mars 2024 - 2 juni 2024
Plats: Skövde, Campus, Dagtid
Takt: 50%
Behörighet
Kursen har följande högskolekurser som förkunskapskrav: godkänd BI119G-Introduktion till bioinformatik G1N och genomgången BV311G-Biovetenskaplig metodik och design G1F (eller motsvarande kunskaper).
Urval
Avklarade högskolepoäng.
Språk
Undervisningen ges på engelska.
R är ett programspråk och en utvecklingmiljö som huvudsakligen används för statistiska beräkningar och datavisualisering inom bioinformatik.
Nya tekniker öppnar fantastiska möjligheter att generera stora mängder biologisk data. Detta medför ett växande behov av kunskap och kompetens att på ett effektivt sätt analysera och tolka datamängder från storskaliga experiment. I denna kurs inriktar vi oss på analyser av expressionsdata med särskilt fokus på genexpressionsdata. Vi använder programmeringsverktyget R för att utföra avancerade bioinformatiska analyser för att exempelvis hitta biomarkörer för allvarliga sjukdomar eller öka kunskapen kring utvecklingsbiologin. Praktiska moment ingår där studenten utnyttjar publika dataset och genomför kvalitetskontroller och identifiera grupper av intressanta gener utifrån olika frågeställningar. Kursen tar upp viktiga statistiska aspekter vid analys av storskalig data och nya tekniker såsom Next-Generation-Sequencing (NGS) beskrivs och jämförs med väletablerade tekniker som microarrayer.
