Jane Synnergren
Professor i bioinformatik
Institutionen för biovetenskap
Rum G2262
Forskning
Publikationer
Projekt
2025
Cardiovascular Research
2025. Artikel.
https://doi.org/10.1093/cvr/cvaf037
2024
Cells
2024. Artikel.
https://doi.org/10.3390/cells13161339
Patterns
2024. Artikel.
https://doi.org/10.1016/j.patter.2024.101093
Journal of Extracellular Vesicles
2024. Artikel.
https://doi.org/10.1002/jev2.12445
ACS Omega
2024. Artikel.
https://doi.org/10.1021/acsomega.3c07098
Molecular Aspects of Medicine
2024. Artikel, forskningsöversikt.
https://doi.org/10.1016/j.mam.2024.101302
2024 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB)
2024. Konferensbidrag. https://doi.org/10.1109/CIBCB58642.2024.10702166
Cells
2024. Artikel.
https://doi.org/10.3390/cells13050414
2023
Stem Cells
2023. Artikel.
https://doi.org/10.1093/stmcls/sxad049
Advanced Science
2023. Artikel.
https://doi.org/10.1002/advs.202206187
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2006
Pågående projekt
Digitaliserat AI-verktyg för säkrare ATMPs
Advanced Therapy Medicinal Products (ATMPs) är ett snabbt växande forskningsfält inom medicin med stor potential, där det finns ett växande behov av robusta och effektiva metoder för att karaktärisera och klassificera processer för bedömning av säkerhetsaspekter kring behandlingen. Projektet samlar intressenter från akademi och industri för utveckling av AI-baserade metoder för säkerhetsbedömning av ATMPs och för att identifiera nya säkerhetsbiomarkörer för att upptäcka avvikelser i tidiga skeden av ATMP-tillverkningsprocessen.
November 2023 - Oktober 2026 SystembiologiAvslutade projekt
”Deep-learning” för ATMP tillverkning
I projektet utvecklas och implementeras en innovative Deep-Learning (DL) metod för kvalitetsanalyser. För utveckling av metoden används humana embryonala stamceller som modellsystem för en stegvis utveckling av ett neuralt nätverk (NN) för klassificering av cellkvalitet med hjälp av kvantitativ PCR data (qPCR).
Oktober 2022 - September 2024 SystembiologiBIO-AID - Biomedicinsk AI-driven dataanalys
Artificiell intelligens (AI) är en viktig drivkraft som snabbt håller på att transformera sjukvård och läkemedelsindustrier på många sätt. Den stora mängden biomedicinsk data som idag finns tillgänglig erbjuder unika möjligheter att utveckla olika AI-baserade modeller. Det finns dock många utmaningar associerade med tillämpning av AI-metoder inom Life Science som ännu inte adresserats.
Oktober 2020 - September 2024 SystembiologiData-mining för identifiering, selektion och validering av biomarkörer
Inom BioMine-projektet studerar vi möjligheterna att använda storskalig biologisk data för att identifiera och validera biomarkörer inom Life-Science-området. Biomarkörer blir allt viktigare inom det biomedicinska området, och det finns ett växande behov av att identifiera nya markörer för diagnostik av sjukdomar och sjukdomsprogression.
Oktober 2017 - Maj 2022 SystembiologiBiomarkörer för toxicitetstestning
Detta är ett av tre delprojekt inom synergiprojektet BioMine – Data-mining för identifiering, selektion och validering av biomarkörer. Delprojektet undersöker storskalig biomolekylär data för att identifiera specifika markörer som kan användas för att påvisa toxiska effekter på humana celler. Projektet är ett samarbete mellan Högskolan i Skövde, AstraZeneca Gothenburg och Takara Bio Europe.
Oktober 2017 - Maj 2022 SystembiologiBiomarkörer för sjukdomsmodellering
Detta är ett av tre delprojekt inom synergiprojektet BioMine - Data-mining för identifiering, selektion och validering av biomarkörer. Delprojektet undersöker storskalig biomolekylär data för att identifiera specifika markörer som kan användas för att studera olika sjukdomar.
Oktober 2017 - Maj 2022 SystembiologiVävnadsteknik för tillverkning av transplantat
Vävnadsteknik för tillverkning av transplantat (TransTissuE) är ett samverkansprojekt mellan Högskolan i Skövde, VERIGRAFT och XVIVO. Tillsammans vill vi utveckla metoder och strategier för att optimera tillverkningen av individanpassade kärltransplantat.
April 2019 - September 2021 SystembiologiCardioTrophy - för minskad sjuklighet och dödlighet i kardiovaskulära sjukdomar
Den framgångsrika utvecklingen av stamcellsforskningen de senaste åren har möjliggjort att det nu går att framställa stora mängder av mänskliga celler för användning inom olika in vitro tillämpningar. Detta förväntas ha särskilt stor betydelse för läkemedelsutvecklingen eftersom man nu kan testa många olika substanser parallellt i laborativa experiment. CardioTrophys målsättning är att, genom att generera ny kunskap, bidra till få fram nya behandlingar och terapier för att minska sjuklighet och dödlighet i kardiovaskulära sjukdomar.
Mars 2017 - Februari 2021 SystembiologiAlgorOmics - vi utvecklar nya algoritmer för biomarkörsidentifiering
Inom AlgorOmics vill vi utveckla och implementera algoritmer för integration, visualisering och analys av storskaliga omics-data, med tillämpningar i stamcellsdifferentiering och läkemedelsutveckling.
April 2017 - Mars 2020 SystembiologiBiomedical Big Data
Detta projekt är ett delprojekt i ett större synergiprojekt (BISON) med fokus på dataanalys av Big data. Projektet syftar till att utveckla bioinformatiska metoder och algoritmer för analys och integrering av storskalig biomedicinsk data. De senaste åren har en massiv digitalisering av data och information genomförts i samhället och majoriteten av all världens information uppskattas numera vara digital.
Oktober 2015 - September 2019 SystembiologiBISON: Bättre beslut med hjälp av Big Data
Big data har väckt stort intresse under de senaste åren på grund av den snabba ökningen av den enorma mängd data som finns tillgänglig för att lösa olika typer av uppgifter inom många olika tillämpningsområden. Dagens big data befinner sig dock fortfarande på en relativt låg abstraktionsnivå när det gäller komplexa beslutsstödsuppgifter och präglas ofta av utmaningar som hög dimension och betydande osäkerhet kring vilka mönster som bör identifieras i data.
Oktober 2015 - September 2019 InformationsteknologiHuman stamcellsbaserad in vitro modell av blod-hjärnbarriären
Läkemedelsindustrin har ett omedelbart behov av in vitro-modeller med hög human relevans som kan användas för att modellera viktiga funktioner i olika organ. Projektet vill utveckla en human in vitro-modell baserad på humana pluripotenta stamceller som kan modellera viktiga aspekter av blod-hjärnbarriären.
Oktober 2015 - September 2018 SystembiologiAvvikande metyleringsmönster i stamcellsderiverade hepatocyter
Humana pluripotenta stamceller (hPSCs) har unika egenskaper såsom proliferation och förmåga att differentiera till funktionella celltyper. Dessa egenskaper gör hPSCs till en lovande källa av humana celler som kan användas för grundforskning, läkemedelsutveckling och regenerativ medicin.
Juli 2013 - Juni 2016 Systembiologi