Jane Synnergren
Institutionen för biovetenskap
Inom BioMine-projektet studerar vi möjligheterna att använda storskalig biologisk data för att identifiera och validera biomarkörer inom Life-Science-området. Biomarkörer blir allt viktigare inom det biomedicinska området, och det finns ett växande behov av att identifiera nya markörer för diagnostik av sjukdomar och sjukdomsprogression.
Biomarkörer kan också bidra till att möjliggöra individanpassad behandling och upptäcka tidiga terapeutiska och negativa reaktioner av läkemedel. Vidare är biomarkörer för olika cellulära processer viktiga inom cellbiologin och kan exempelvis vara användbara för att fastställa cellidentitet. De kan också användas för isolering av specifika cellpopulationer såväl som för övervakning av fysiologiska eller patofysiologiska processer in vitro.
Går att parallellt mäta tusentals markörer
Det finns ett stort intresse och höga förväntningar på att kunna använda storskalig "omics"-data för att identifiera biomarkörer, främst data inom områdena transcriptomics, proteomics, metabolomics och genomics. Men många utmaningar och svårigheter återstår fortfarande att lösa, i synnerhet när det gäller utveckling av algoritmer för storskalig dataanalys vid olika kombinationer av datamängder. Den tekniska utvecklingen har gått mycket snabbt och möjligheten finns nu att parallellt mäta tusentals markörer, och tekniken utvecklats i en snabbare takt än analysmetoderna för tolkningen av dessa stora mängder biologisk data.
Delprojekt med fokus på toxicitetstestning, sjukdomsmodellering och klinisk diagnostisering
Inom BioMine-projektet så studerar vi möjligheterna att använda storskalig biologisk data för att identifiera och validera biomarkörer inom Life-Science-området. Vi bedriver studier inom tre specifika delområden med fokus på att generera och analysera storskalig data. De tre delprojekten inkluderar:
- toxicitetstestning (Biomarkörer för toxicitetstesting)
- sjukdomsmodellering (Biomarkörer för sjukdomsmodellering)
- klinisk diagnostisering (Biomarkörer för klinisk diagnostisering)
Stor vikt läggs i projektet vid att utveckla metoder för kombinerade analyser av olika typer av molekylär data.
Projektet genomförs i samarbete mellan Högskolan i Skövde och våra industripartners (AstraZeneca Gothenburg, Takara Bio Europe AB, Unilabs AB, 1928 Diagnostics AB, TATAA Biocenter AB och Olink Proteomics AB).
Belyser både industriella och akademiska aspekter
Projektet förväntas generera nya prediktiva multimarkörpaneler samt innovativa algoritmer och analysprocesser för identifiering av biomarkörer från en kombination av datakällor och datatyper. Projektet belyser både industriella och akademiska aspekter av biomarkörforskning och innehåller aktiviteter som adresserar dels stora utmaningar och behov inom industrin men också rent akademiskt vetenskapliga frågeställningar. Gemensamma frågor formuleras av forskarteamet vid Högskolan i Skövde, vilket säkerställer att senaste tekniker och ansatser inom metodutveckling tillämpas och sprids vidare inom och utanför projektet.
