Zelmina Lubovac
Institutionen för biovetenskap
DMDPipe-projektet ska utveckla en pipeline för att identifiera och analysera sjukdomsalstrande moduler av samverkande proteiner. Projektet förväntas bidra till utvecklingen av individualiserad diagnostik och behandling av astma.
Nätverksbaserade metoder har gett upphov till ett antal kraftfulla verktyg för analys av komplexa sjukdomar. En vanligt förekommande strategi är att identifiera sjukdomsrelaterade nätverksmoduler. Det är allmänt vedertaget att sjukdomsrelaterade gener inte är slumpvis placerade i det humana nätverket av interagerande proteiner. De utgör istället moduler av proteiner som är samlokaliserade i interaktionsnätverket och även överlappar i andra former av "omics"-data.
Nätverksbaserade metoder har använts för prognos av astma och multipel skleros för att identifiera nya kombinationer av biomarkörer. En stor begränsning i nuvarande metoder är dock att de inte tar hänsyn till individvariation, vilket dock är nödvändigt när målsättningen är att utveckla metoder för individualiserad diagnostik.
I det här projektet skapar vi modeller av sjukdomsmoduler på flera nivåer genom att integrera olika former av "omics"-data, med målsättning att identifiera patient-specifika regulatoriska transkriptionsfaktorer. Arbetet syftar till att utveckla matematiska modeller för prediktion av hur dessa transkriptionsfaktorer kan påverkas, och till att skapa en pipeline för analys av astma och multipel skleros som kan användas för att föreslå patient-specifika terapeutiska ingrepp.